《夏与箱》是一部充满夏日气息的治愈奇幻漫画，讲述高二女生夏目凉子在一个闷热的暑假午后，于自家仓库角落发现了一只尘封的木箱。箱子里装着她从未见过的老照片、干枯的向日葵，以及一枚能映出过去光影的旧怀表。每当凉子触碰怀表，就会被拉入某个夏天的片段——那是她的奶奶年轻时与恋人告别的海岸，是父亲童年捉过蜻蜓的稻田，也是她自己五岁时遗失的那只小黄鸭漂流而下的溪流。在一次次穿梭中，凉子逐渐拼凑出家族三代人关于“告别”与“珍藏”的故事，也终于明白，那个看似寻常的夏天，其实是每个人心中最舍不得翻篇的篇章。
凉子在木箱最底层发现一封未寄出的信，是奶奶写给年轻时恋人的。她带着信穿越到那个海边黄昏，目睹奶奶含泪将信折成纸船放入海浪，终于理解了“放手也是一种温柔”。
凉子被怀表带入父亲年少时的夏天，跟随他赤脚奔跑在即将被征收的稻田里捉蜻蜓。她看见父亲和儿时玩伴立下“十年后还要一起捉蜻蜓”的约定，可那片田如今已是商场。
凉子回到自己五岁那年的溪边，看见小小的自己正为漂走的小黄鸭大哭。她犹豫再三，最终没有上前阻止，因为她知道，那只黄鸭载着童年天真漂向远方，而现在的她，已学会笑着回忆。
一位老木匠来到杂货铺（串连设定），说他在找一只刻有向日葵的木箱。凉子发现那正是自己家的箱子，老木匠颤抖着抚摸箱面，说这是他六十年前为心爱的姑娘亲手打造的。
连续穿越后，怀表表面出现细微裂痕，凉子担心它即将失效。她在恐慌中再次启动怀表，却被送到一个完全陌生的灰白夏日——那是她从未见过的、奶奶去世前最后一个夏天。
凉子在最后一个夏日画面中，看见奶奶将几粒向日葵种子交给年轻的自己，说“种下去，夏天就永远在”。凉子醒来后，在院子里种下奶奶留下的种子，决心把每个夏天都过成值得珍藏的模样。